La sentenza n. 5627/2026 del Consiglio di Stato segna un passaggio di particolare rilievo nel contenzioso sul credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo maturato nel periodo 2015-2019. Il giudice amministrativo ha respinto l’appello proposto dal Ministero delle Imprese e del Made in Italy e dall’Agenzia delle Entrate, confermando l’illegittimità dell’applicazione retroattiva dei criteri del Manuale di Frascati 2015 ai crediti maturati prima del 2020. Secondo i Consiglieri di Stato, per i periodi d’imposta anteriori al 2020, la spettanza del credito deve essere valutata alla luce della disciplina vigente nel periodo d’imposta di riferimento (art. 3 del decreto-legge n.145 del 2013 e decreto interministeriale di attuazione del 27 maggio 2015), secondo il principio tempus regit actum. Solo a partire dal periodo d’imposta 2020, con l’introduzione del nuovo credito d’imposta per ricerca e sviluppo, il legislatore ha adottato una qualificazione più restrittiva delle attività agevolabili, vincolandone l’ammissibilità al rispetto dei cinque criteri individuati dal Manuale di Frascati 2015: novità, creatività, incertezza, sistematicità e trasferibilità/riproducibilità.
Il recepimento espresso del Manuale di Frascati, ad opera della legge n. 160 del 2019, conferma in modo chiaro che, fino a quel momento, i criteri ivi contenuti non avevano trovato ingresso nel nostro ordinamento, tale norma non ha dunque valenza interpretativa. Peraltro, neppure la prassi della Commissione europea – richiamata dal Ministero per giustificare l’applicazione retroattiva dei criteri del manuale di Frascati – adotta, ai fini della valutazione degli aiuti di Stato in materia di ricerca e sviluppo, l’edizione del 2015 di tale documento. La comunicazione della Commissione del 27 giugno 2014 fa riferimento all’edizione del manuale di Frascati del 2002, che recepisce una nozione di attività di ricerca e sviluppo significativamente più ampia e flessibile rispetto a quella delineata nella versione del 2015. In effetti, il manuale di Frascati del 2002 si limita a ritenere che un’attività rientri nella definizione di ricerca e sviluppo a condizione che il suo obiettivo principale sia quello di conseguire miglioramenti tecnici sul prodotto o sul processo (“If the primary objective is to make further technical improvements on the product or process, then the work comes within the definition of R&D”), senza che vi sia la necessità di valutare se tali miglioramenti sarebbero stati possibili sulla base dello stato dell’arte del settore di riferimento. Inoltre, la stessa Comunicazione del 2014 chiarisce che i criteri in essa stabiliti si applicano alle misure che rientrano nella disciplina degli aiuti di Stato, e non agli incentivi fiscali a carattere generale, come il credito d’imposta di cui all’art. del decreto-legge n.145 del 2013.
Una parte importante del dibattito successivo alla sentenza riguarda l’opportunità di aggiornare le Linee guida MIMIT del 4 luglio 2024 e i modelli di certificazione allegati al decreto direttoriale del 5 giugno 2024. Se le Linee guida continuassero a proporre una lettura unitaria del vecchio e del nuovo credito, il rischio sarebbe quello di mantenere un disallineamento tra il quadro amministrativo e la lettura ratione temporis oggi rafforzata dalla giurisprudenza. La decisione del Consiglio di Stato non annulla con efficacia generale le Linee guida e non impone formalmente il loro aggiornamento; tuttavia, tale intervento appare ormai necessario per allineare lo strumento della certificazione al quadro interpretativo delineato dalla giurisprudenza. In caso contrario, ogni eventuale provvedimento di diniego adottato dal Ministero delle Imprese e del Made in Italy sulla base delle attuali Linee guida rischierebbe di essere contestato davanti al TAR. A fronte di tale scenario, sorge dunque spontanea una domanda: un’impresa che ha maturato crediti R&S negli anni 2015-2019, non ancora contestati e non ancora certificati, cosa dovrebbe fare ora?
Per rispondere alla domanda di cui sopra occorre innanzitutto considerare che gli accertamenti sui crediti d’imposta R&S maturati nel periodo 2015-2019 sono tutt’altro che chiusi, anzi stiamo rilevando che molte contestazioni sono ancora basate sui criteri del Manuale di Frascati 2015 e i crediti disconosciuti sono sistematicamente qualificati come inesistenti; quindi, ad oggi tutti i crediti d’imposta R&S fruiti dal 2016 in poi sono ancora esposti agli accertamenti dell’Amministrazione Finanziaria. Va tuttavia ribadito che la prassi accertativa volta a dilatare la nozione di credito inesistente oltre i limiti tracciati dalla Corte di Cassazione a Sezioni Unite (sentenza n. 34419/2023) e dall’Atto di indirizzo MEF del 1° luglio 2025, al solo fine di estendere i termini di accertamento, deve ritenersi illegittima.
Formalmente sì. La sentenza del Consiglio di Stato non autorizza i certificatori a ignorare le Linee guida MIMIT vigenti o a utilizzare modelli alternativi rispetto a quelli previsti dalla piattaforma. Finché il Ministero non interverrà con un aggiornamento formale, la certificazione dovrà necessariamente collocarsi nell’alveo procedurale e documentale oggi previsto. Tuttavia, per i progetti R&S 2015-2019, le Linee guida non possono essere applicate come se i cinque criteri del Manuale di Frascati 2015 fossero requisiti sostanziali retroattivi. Il certificatore dovrà quindi compilare il modello vigente, ma fondare il proprio giudizio tecnico sulla disciplina ratione temporis: art. 3 del D.L. 145/2013 e D.M. 27 maggio 2015. I cinque criteri di Frascati 2015 dovrebbero essere utilizzati come griglia descrittiva e di riferimento tecnico, non come parametri sostanziali retroattivi di ammissibilità.
Come visto, tutti i crediti d’imposta R&S fruiti dal 2016 in poi restano potenzialmente esposti ad accertamento. Per le imprese che non hanno ancora ricevuto contestazioni, la certificazione rappresenta quindi oggi una finestra di opportunità da cogliere per prevenire possibili rilievi di natura tecnica. Alla luce della pronuncia del Consiglio di Stato, la strategia più prudente non è attendere l’aggiornamento delle Linee guida MIMIT né l’avvio di un controllo da parte dell’Agenzia delle Entrate, ma procedere subito a un riesame tecnico e documentale dei progetti di R&S 2015-2019, valutando caso per caso l’opportunità di accedere alla certificazione.
La sentenza n. 5627/2026 non deve essere letta come una sanatoria generalizzata. Il Consiglio di Stato non afferma che tutti i progetti R&S 2015-2019 sono automaticamente agevolabili, né sottrae le imprese all’onere di dimostrare l’effettività delle attività svolte, la coerenza tecnica dei progetti, la corretta imputazione dei costi e l’assenza di modifiche ordinarie o periodiche escluse dall’art. 3, comma 5, del D.L. 145/2013. La pronuncia modifica però in modo significativo il quadro di rischio. Non è più sostenibile, almeno secondo l’orientamento espresso dal giudice amministrativo, disconoscere i crediti R&S del periodo 2015-2019 sulla base della mera assenza dei cinque criteri Frascati 2015 — novità assoluta, creatività, incertezza, sistematicità e trasferibilità/riproducibilità — come se tali criteri fossero già requisiti normativi vincolanti all’epoca di maturazione del credito. Le imprese possono cogliere il momento per blindare i propri progetti di R&S 2015-2019 e i relativi crediti d’imposta fruiti a partire dal 2016, prima che l’Amministrazione Finanziaria possa avanzare contestazioni di natura tecnica su tali attività, prevenendo in questo modo eventuali contenziosi. Per chi ha progetti R&S 2016-2019 non ancora certificati, la domanda non è più se valga la pena occuparsene, ma se conviene certificarli subito o aspettare a farlo. La prima opzione risulta oggi la scelta più prudente.
